Trong suốt thế Pleistocen, một "hồ Sidiq" được hình thành gần phía Bắc hồ Ptolemy. Nó được ghi nhận cách đây 21.600 ± 600 năm.[36] Không có hồ lớn nào được tìm thấy từ cuối thế Pleistocen; khí hậu tại thời điểm đó khô như hiện nay.[37]

Cách đây 9.180 ± 185 năm, hồ Ptolemy từng là một hồ nước ngọt.[38] Giai đoạn hồ tạm thời xuống mực nước thấp nhất là vào khoảng từ 7.470 ± 100 năm đến 8.100 ± 80 năm so với hiện tại và có liên hệ mật thiết đến sự gia tăng tột bậc hàm lượng dinh dưỡng.[39] Mực nước thấp hơn cho phép động vật trên cạn đi vào bên trong hồ.[33]

Đo đạc phóng xạ cacbon-14 cho thấy độ tuổi của hồ là 6.680 ± 135 và 6.810 ± 70 năm.[25] Các đo đạc ở phía Bắc là 7.900 - 6.400 năm trước đây, và 9.250 - 3.800 năm trước đây.[38] Đây là thời gian mà mực nước hồ ít ổn định hơn.[25] Các dữ liệu từ hóa thạch cho thấy không có việc cạn nước trong thời gian này.[40]

Các wadi đã xuất hiện cách đây 3.300 - 2.900 và 3.300 - 2.400 năm trước đây ở phía Nam và phía Bắc. Trong thời gian cạn nước, hồ bị chia ra thành các bể riêng biệt.[39] Các quá trình trầm tích gió đã loại bỏ các chứng cứ nhỏ nhất, thời gian chính xác hồ biến mất không được xác định.[33]